ভারী বা অতিরিক্ত বৃষ্টির কারণে ফসলের গোড়ায় পানি জমে মাটিতে অক্সিজেনের তীব্র সংকট তৈরি হয়, যার ফলে শিকড় পচে গাছ দ্রুত মারা যায়। অতিবৃষ্টির কারণে সৃষ্ট জলাবদ্ধতা, পুষ্টি উপাদানের ক্ষয় এবং রোগজীবাণুর আক্রমণ কৃষিখাতের ফলন মারাত্মকভাবে ব্যাহত করে। ফসলের প্রধান প্রধান ক্ষয়ক্ষতি হলো - 
জলাবদ্ধতা ও শিকড় পচন: দীর্ঘদিন পানি জমে থাকলে মাটির রন্ধ্রগুলো পানিপূর্ণ হয়ে পড়ে। অক্সিজেন না পেয়ে শিকড় পচে গাছের বৃদ্ধি সম্পূর্ণ বন্ধ হয়ে যায়।
পুষ্টি উপাদান ধুয়ে যাওয়া: ভারী বৃষ্টিপাতের ফলে মাটির উপরিভাগের উর্বর অংশ বা টপসয়েল ক্ষয়ে যায়। এতে উদ্ভিদের জন্য অপরিহার্য নাইট্রোজেন ও অন্যান্য পুষ্টি উপাদান ধুয়ে চলে যায়।
গাছ হেলে পড়া (লজিং): ঝোড়ো হাওয়া ও ভারী বৃষ্টির ওজনে বড় হয়ে যাওয়া ধান বা সবজি গাছ মাটিতে নুয়ে পড়ে। পানিতে ডুবে থাকার কারণে ফসল ক্ষেতেই নষ্ট হয়ে যায়।
রোগ ও ছত্রাকের আক্রমণ: স্যাঁতসেঁতে এবং উচ্চ আর্দ্র আবহাওয়ায় ব্যাক্টেরিয়া ও ছত্রাকজনিত রোগ দ্রুত ছড়ায়। ফলে ব্লাইট, গোড়া পচা এবং ফলের ওপর দাগ পড়ার মতো সমস্যা বাড়ে।
বীজ ও কাটা ফসলের ক্ষতি: ফসল কাটার মৌসুমে অকাল বৃষ্টি হলে শস্য শুকাতে সমস্যা হয় এবং ভেজা ধানে দ্রুত অঙ্কুর গজিয়ে তা খাওয়ার অযোগ্য হয়ে পড়ে।ক্ষতি কমানোর কার্যকর উপায়
১. পানি নিষ্কাশন: জমিতে সুপরিকল্পিত নালা তৈরি করে দ্রুত জমে থাকা পানি বের করার ব্যবস্থা করতে হবে।
২. সাবসোয়লিং পদ্ধতি: মাটির নিচের শক্ত স্তর ভাঙতে ৩ বছরে অন্তত একবার গভীর চাষ বা সাবসোয়লিং করা জরুরি, যা মাটির পানি ধারণ ও শোষণ ক্ষমতা বাড়ায়।
৩. উঁচু বেড তৈরি: সবজি বা রবি শস্য চাষের জন্য উঁচু বেড বা আইল তৈরি করলে ভারী বৃষ্টিতেও গাছের গোড়ায় সরাসরি পানি জমে না।৪. সহনশীল জাত ব্যবহার: বন্যা ও জলাবদ্ধতা সহ্য করতে পারে এমন বন্যা-সহনশীল ফসলের জাত চাষ করতে হবে।