মুসলিম আমল ভারতে মুসলিম শাসন প্রতিষ্ঠার (১২০৪-১২০৬) পর থেকে বাংলা দিল্লি শাসকের একটি প্রদেশ এবং কখনও কখনও স্বাধীন রাজ্য হিসেবে শাসিত হয়েছে। সুবহাদার, স্বাধীন শাসক এবং নওয়াবরা শিক্ষা প্রতিষ্ঠান হিসেবে মক্তব ও মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠা করেন। মক্তবে প্রাথমিক শিক্ষা দেওয়া হতো। পক্ষান্তরে, মাদ্রাসা ছিল মাধ্যমিক ও উচ্চ শিক্ষার পীঠস্থান। মুসলিম শাসনামলে বাংলায় মাদ্রাসার বিস্তার ঘটে। এগুলি রাষ্ট্রীয় অর্থে পরিচালিত হতো। দানশীল অনেক ব্যক্তি নিজস্ব উদ্যোগে মাদ্রাসা স্থাপন করতেন। মুসলিম বাংলায় বহু বিদগ্ধজন, প্রশাসক এবং কর্মকর্তা মাদ্রাসা ডিগ্রিধারী ছিলেন। সোনারগাঁয়ে শরফ উদ্দিন আবু তাওয়ামা পরিচালিত মাদ্রাসায় বৈষয়িক ও ধর্মীয় বিষয়াদি পড়ানো হতো। সম্রাট শাহজাহানের শাসনামলে, জাহাঙ্গীরনগরের মাদ্রাসাগুলি বিজ্ঞান, ঈশ্বরতত্ত্ব, দর্শন এবং গণিত শাস্ত্র শিক্ষার জন্য বিশেষভাবে খ্যাত ছিল। সে সময়ে সমাজে শিক্ষকদের ছিল উচ্চ মর্যাদা। মাদ্রাসার পাঠক্রমে সাধারণত ধর্মীয় বিষয়সমূহ, যেমন কোরআন হাদিস, ঈশ্বরতত্ত্ব এবং অন্যান্য ইসলামিক বিষয়সমূহ অন্তর্ভুক্ত থাকত। বৈষয়িক বিষয়, যেমন ইতিহাস, যুক্তিবিদ্যা, ভূগোল, বীজগণিত, জোতির্বিদ্যা, চিকিৎসা বিদ্যা, রসায়ন শাস্ত্র ও অন্যান্য কারিগরি, বৃত্তিমূলক ও পেশাগত বিষয়ের ওপর কোন কোন কেন্দ্রে বেশি জোর দেওয়া হতো। তৎকালে ফার্সিতে পাঠ দেওয়া হতো। তবে মুসলমান ছাত্রদের জন্য আরবি অবশ্য পাঠ্য ছিল। মুসলমান আমলে ইতিহাসপাঠ ছিল মাদ্রাসা শিক্ষার একটি বিশেষ বৈশিষ্ট্য। এর ফলে এসব শিক্ষাকেন্দ্র উপমহাদেশে বেশকিছু উল্লেখযোগ্য ইতিহাসবিদ তৈরি করেছিল। সম্রাট আকবর হিন্দুদের মাদ্রাসায় পড়াশোনার নীতি গ্রহণ করেন।

মুসলমান শাসনামলে পর্দা প্রথার কারণে মেয়েদের প্রাতিষ্ঠানিক লেখাপড়ার সুযোগ ছিল না। কিন্তু বাদশাহের হারেমে বাদশাহ, নওয়াব এবং রাজকর্মচারীদের স্ত্রী, কন্যা, ভগ্নি এবং অন্যান্য অভিজাত শ্রেণির মেয়েরা শিক্ষা গ্রহণ করতেন। এদের কেউ কেউ জ্ঞানের ক্ষেত্রে বিশেষ উৎকর্ষ অর্জন করেন। তবে, বেশির ভাগ মুসলমান মহিলা গৃহকর্ম বিষয়ে কিছু প্রশিক্ষণ ব্যতীত খুব সামান্যই পড়াশোনা করতেন। ব্রিটিশ আমলেও মাদ্রাসা শিক্ষাপ্রথা অব্যাহত থাকে, তবে এর প্রকৃতি ও চরিত্র অনেকখানি বদলে যায়। উনিশ শতকের গোড়ায় এদেশে বিভিন্ন ধরনের মাদ্রাসা ছিল। এসব মাদ্রাসায় ব্যাপকভিত্তিক বিষয়াদি পড়ানো হতো, যেমন ব্যাকরণ, বাগ্মিতা, যুক্তিবিদ্যা, আইন, ইসলামি মতবাদ, জোতির্বিদ্যা, দর্শন, বিজ্ঞান, ইতিহাস এবং সাহিত্য। শিক্ষকের প্রধান লক্ষ্য ছিল ছাত্রকে এসব বিষয়ে নিজের অর্জিত জ্ঞান দান করা।

মুসলিম শাসনের অবসানের সময় সম্পদশালী ও অভিজাত শ্রেণির নিকট থেকে আর্থিক সহযোগিতা ও পৃষ্ঠপোষকতার অভাবে এবং সরকারি ভাষা ফারসি থেকে ইংরেজিতে পরিবর্তন হওয়ায় মাদ্রাসা শিক্ষা একটি রক্ষণশীল চরিত্র ধারণ করে। কিছু পরিবর্তনের মধ্য দিয়ে মাদ্রাসা শিক্ষা বাংলাদেশে এখনও অব্যাহত রয়েছে।