টম সয়্যার যে কিনা টম নামেই বেশি পরিচিত সবার কাছে।দুষ্টের সেরা টমের বাবা মা নেই তাই সে ও তার ভাই সিড পলি খালার কাছেই থাকে আর ওদের সাথে থাকে পলি খালার মেয়ে মেরি।টম আর সিড আপন দুই ভাই হলেও স্বভাবের দিক দিয়ে পুরো উল্টো।পলি খালা টমকে যেমন শাসন করেন ঠিক তার উল্টো সিডের বেলায়। সিড শান্ত স্বভাবের তাই সে পলি খালার আদরের। টম সিডকে সহ্য করতে পারে না তাই সে সুযোগ পেলেই সিডের সাথে মারামারিতে ব্যস্ত হয়ে যায় আবার সিডও টমের নামে বিচার দেয় পলি খালার কাছে নিজে ভালো সাজার জন্য।

টম যেমন দুষ্ট তেমনি মিথ্যে বলতে ও ওস্তাদ সে । টমের পড়াশোনা ভালো লাগে না তাই জোড় করেই স্কুলে যেতে বাধ্য হয় সে ফলে ক্লাসে কোন পড়াই ভালোভাবে বলতে পারে না।পড়া না পারাই শুধু নয় প্রায় প্রতিদিনই শিক্ষকের হাতে বেতের বারি পরে ওর পিঠে নানা রকম দুষ্টুমি করার জন্য।এতে অবশ্য টমের কোন মাথাব্যথা নেই বরং সে নিজের মতো কাজ করতেই থাকে।

একদিন স্কুল থেকে ফেরার সময় বেকির সাথে দেখা হয় টমের। বাগানে পানি দিচ্ছিলো বেকি আর প্রথম দেখাতেই তাকে ভালো লেগে যায় তার।তারপর যখন স্কুলে গিয়ে বেকিকে নিজের ক্লাসে দেখতে পায় তখন আস্তে আস্তে দু'জনের বন্ধুত্ব হয়।

টম আর তার বন্ধু হাকলবেরি ফিনএকটি কাজে গ্রামের কবরস্থানে যায় গভীররাতে কিন্তু সেখানে তারা দেখতে পায় তাদের গ্রামের ডাক্তারকে খুন করে ইনজুন জো কিন্তু ডাক্তারের লাশের পাশে পিটারের ছুরি পাওয়া গেলে তাকে সবাই খুনি ভাবে এবং তাকে পুলিশে দিয়ে দেয়।টম আর ফিন সব দেখে চুপিচুপি সেখান থেকে দৌড়ে চলে আসে আর কাউকে কিছু না বলার সিদ্ধান্ত নেয়।

টমকে কেউ ভালোবাসেনা এই ভাবনা ভাবতে থাকে সে আর তারপর টম ভাবে সে জলদস্যু হবে আর সেজন্য সে তার বন্ধু হাকলবেরি এবং জো কে নিয়ে একটা নৌকা নিয়ে পালিয়ে এক দ্বীপে চলে যায়।এরপর অনেক খোজাখুজি করার পর অনেকদিন পার হয়ে গেলে সবাই ভাবে তারা হয়ত মারা গিয়েছে।তাদের জন্য গীর্জায় প্রার্থনার আয়োজন করা হয় আর সে প্রার্থনায় এসে হাজির হয় তারা তিনজন সবাইকে অবাক করে দেয়। শোকের গির্জায় তখন আনন্দের বন্যা বয়ে যায়।

গুপ্তধন খোজার চেষ্টায় টম হাককে নিয়ে অভিযানে বের হয় পাশের এক জঙ্গলে যেখানে মানুষের আনাগোনা একেবারেই কম আর তখন ইনজুন জো আর তার ডাকাত বন্ধুর ডাকাতি করে আনা গুপ্তধন লুকিয়ে রাখতে দেখে নেয় দুই বন্ধু টম আর হাক।

এদিকে ডাক্তারকে মারার জন্য পিটারের ফাসি হবে এটা শুনে টম আর হাক হাজির হয় আদালতে।সেখানে গিয়ে টম সব কথা বলে দেয়াতে পিটার ছাড়া পেলেও আদালত থেকে ইনজুন জো পালিয়ে যায়।আদালতে টমের এই দুঃসাহসিকতা দেখে গ্রামবাসী খুব খুশি হলেও ইনজুন জোর ভয়ে ঘুম হারাম হয়ে যায় দুই বন্ধুর।

স্কুলের ছুটিতে একদিন সব ছাত্রছাত্রীরা সুড়ঙ্গপথে বেড়াতে গেলে সেখানে টম এবং বেকি আলাদা হয়ে যায়।তারা অন্য পথে চলে যায় আর বাকিরা তাদের কথা ভুলে গিয়ে চলে আসে। সবাই বাড়িতে ফিরে এলে দেখে যে তারা দু'জন নেই আর সেই খবর শুনে শয্যাশায়ী হয়ে পড়েন বেকির মা।টম আর বেকি যে সুড়ঙ্গপথ দিয়ে এগিয়ে যাচ্ছে সেখানে তারা হঠাৎ দেখতে পায় ইনজুন জোকে।

ইনজুন জোর বন্ধু মারা যাওয়া সে একাই তার অর্থ লুকানোর জন্য ঐ সুড়ঙ্গপথ বেছে নেয়। এদিকে গ্রামবাসীকে দেখতে পেয়ে টম আর বেকি বেরিয়ে আাসার পর সে সুড়ঙ্গপথ বন্ধ করে দেয় বেকির বাবা এতে সেখানেই তার মৃত্যু হয় ইনজুন জোর।

অবশেষে সেই সুড়ঙ্গ থেকে স্বর্ণমুদ্রাগুলো টম এবং হাক নিয়ে এসে তারা রাতারাতি ধনী হয়ে যায়।