রোজ সকালে খালি পেটে কফি খেলে পাকস্থলীতে হাইড্রোক্লোরিক অ্যাসিড তৈরি হয়। এই ক্ষতিকারক অ্যাসিড পাকস্থলীতে প্রচুর পরিমাণে জমলে তার থেকে হজমজনিত কঠিন রোগ হতে পারে। কফির বীজে ক্যাফিন ছাড়াও অন্যান্য অম্ল জাতীয় উপাদান থাকে, যা নিয়মিত বেশি কফি খেলে পাকস্থলীর গায়ে ক্ষত সৃষ্টি করে আলসার ও গ্যাসট্রিক রোগ হয়।